Den grønne Krystal handler om Daniel, der på sin 13-års fødselsdag mod sin vilje befinder sig i en bil på vej til en afdød onkels hus. I stedet for at pakke gaver ud og få sunget fødselsdagssange tilbringer Daniel og hans familie dagen i et faldefærdigt palæ langt ude på landet.

Grunden er, at onklen har testamenteret noget til Daniel. Noget der vender fuldstændig op og ned på hans fødselsdag. Daniel arver en krystal. Krystallen kommer fra landet Trankilia, hvor den nådesløse Doguman er ved at få herredømmet. Spåkonen Kaya den Vise har forudsagt, at Daniel skal frelse Trankilia og dermed også vores verden.

Daniel bliver hurtigt hvirvlet ind i en række af intriger og ondskabsfuldheder, der er påbegyndt allerede inden han selv blev født. Med hjælp fra alferne Rimar og Runko og Fathvuy af flodfolket kæmper Daniel sig igennem de mange strabadser, indtil han i Krawila-bjergets grotter står alene ansigt til ansigt med den onde Doguman.

Nu skal det vise sig om Kaya den Vises spådom holder stik. Har 13-årige Daniel overhovedet en chance for at besejre det onde? Et er i hvert fald sikkert. Den frygtelige Doguman er ikke den han giver sig ud for at være .