Med Hadets anatomi følger vi Jens-Martin Eriksen og Frederik Stjernfelt på deres rejser igennem Bosnien og Serbien fra 2000 til 2002.

Den første rejse begynder i nogle bosniske landsbyer, som blev hjemsøgt af de værste forbrydelser i Europa siden Anden Verdenskrig. Derfra former den videre del af bogen sig som et politisk opklaringsarbejde.

Hvilke forhold var det, der førte et samfund ud i opløsning og massevold? Hvordan blev dette kaos iscenesat af de skyldige? Hvilken rolle spillede de intellektuelle og de religiøse kræfter? Hvem fostrede de fantastiske ideer, der ledte til katastrofen.

I et afsluttende essay - Fremtidens spejl - vurderer forfatterne hvad vi kan lære af den konfrontation mellem nationalisme og islam som førte til et lands undergang i Europa.